Fue conocido en vida por su bondad, rectitud y fervorosa dedicación a aliviar el sufrimiento humano. Hijo de Benigno Hernández Manzaneda y de Josefa Antonia Cisneros Monsilla, realizó los estudios de primaria en Trujillo hasta los 13 años de edad cuando se mudó a Caracas. Fue un estudiante sobresaliente y se graduó de bachiller en filosofía en 1884. Ingresa en la Universidad Central, donde obtiene el título de Médico el 28 de junio de 1888.

Cuando se disponía a ejercer la profesión en Caracas, gracias a una beca designada por el Gobierno de entonces, viaja a Europa para estudiar en París, algunas materias de las que aquí no se tenía gran conocimiento. Fue así como José Gregorio Hernández se preparó con profundidad en las áreas de: Microbiología, Histología Normal, Patología, Bacteriología y Fisiología Experimental. Aprovecha el viaje y trae a Caracas equipos para los laboratorios del Hospital Vargas.

A su regreso a Venezuela, en 1891, todos sus conocimientos adquiridos los vertió con alma de apóstol en sus alumnos de la Universidad Central de Venezuela. Dicta las cátedras de Histología Normal y Patología, Fisiología Experimental y Bacteriología. Su cátedra más importante fue la de Bacteriología. Además, fue nombrado director del Laboratorio Nacional, haciendo de éste “una copia exacta del de la Escuela de Medicina de la Universidad de París”.

Se dedicó a la docencia, el ejercicio profesional y a la práctica religiosa. Por esta razón, fue profesor desde 1891 hasta 1916.

Su labor de docente fue interrumpida en dos ocasiones. La primera, cuando decide hacerse religioso y entrar en el monasterio de la orden de San Bruto , a la cual llegó el 1 de 16 de Julio de 1908, y de la que regresó el 21 de Abril de 1909, reincorporándose en mayo de ese mismo año a sus actividades académicas en la Universidad.

La segunda vez que interrumpió sus actividades docentes fue a partir del 1 de octubre de 1912, cuando el gobierno dictatorial del general Juan Vicente Gómez decreta el cierre de la Universidad, ya que esta se había situado en contra de su régimen. Sin embargo, restablece su actividad docente en enero de 1916, tras la fundación de la Escuela de Medicina Oficial, que funcionó en el Instituto Anatómico. Hubo otra corta interrupción, pero esta vez sin apartarse del ámbito académico, ya que en 1917 viaja a las ciudades de Nueva York y Madrid para realizar estudios, quedando provisionalmente a cargo de sus cátedras el doctor Domingo Luciani. Reinicia su actividad docente el 30 de enero de 1918, hasta que muere, atropellado por un automóvil, el 29 de junio de 1919.

Entre las publicaciones científicas se encuentran “Elementos de Bacteriología” (1906), “Sobre la Angina de Pecho de Naturaleza Palúdica” y en 1912 publica “Elementos de Filosofía” en dos oportunidades quiso hacerse sacerdote, pero su condición física resultó mayor impedimento.
El Educador ejemplar muere arrollado por un automóvil, el 29 de junio 1919, en La Pastora, una calle caraqueña. Los venezolanos lo veneran por sus virtudes como médico y por su vocación religiosa. Por esta razón, desde hace varios años la Iglesia venezolana, inició el proceso de beatificación y canonización de José Gregorio Hernández, teniendo a la vista las virtudes que adornan a este sabio compatriota, que ya es Venerable por resolución del Vaticano.

Muchos pensaron que con la sorpresiva muerte de este doctor se acabaría su reconocimiento por los logros médicos alcanzados. Sin embargo, lo que ocurrió fue justo lo contrario. Hoy en día se le conoce como el “venerable”, y todavía se le atribuyen curaciones y milagros.

Los venezolanos lo veneran por sus virtudes como médico y por su vocación religiosa. Por esta razón, desde hace varios años se le atribuyen varios milagros y curaciones, tanto es así que en 1949 el Vaticano inicia su investigación y en 1986 le asignan la jerarquía de «Venerable» -uno de los pasos en el proceso de beatificación según los parámetros de la Iglesia Católica-. Sus restos se encuentran en el Templo de la parroquia La Candelaria, después de estar por mucho tiempo en el Cementerio General del Sur. Era la tumba más visitada de dicho cementerio.